冬季，果树进入休眠期，各种病虫害也进入越冬阶段。越冬休眠状态的病虫，虽然增强了耐受不良环境的能力，但由于数量有限，不活动、越冬场所比较集中，从而使得冬季成为防治病虫害的有利时机。特别是针对那些源于本地，传播范围有限，腐生（腐食）性比较强的病虫。
针对不同病虫害，冬季治理可以选择清除病残、枝杆处理和土壤处理三方面措施。
已知许多叶斑病，如褐斑病、斑点落叶病、黑星病、灰斑病、圆斑病、轮斑病，他们主要随落叶越冬，因此清扫落叶，集中处理（深埋或高温堆肥），或翻耕将落叶埋入土壤，都具有明显的防病效果。一些依靠病枝杆和发病僵果越冬的病虫害，如轮纹病、炭疽病、褐腐病、干腐病、干枯病、枝枯病、溃疡病等，也需要结合修剪，去除病枝或病斑，并带出果园深埋。实行田园卫生措施的关键是持之以恒和尽可能彻底，因为在适宜的天气里，残留的少量病菌还会很快繁殖。
枝杆处理包括剪除病枝、刮或刷树皮、刮治病斑和喷涂药剂。刮或刷树皮可以消灭苹小食心虫、梨小食心虫、桃蛀螟、黄刺蛾、梨星毛虫和许多卷叶蛾、螨类害虫的老熟幼虫、卵或蛹。刮治病斑要在冬末进行（如河北省的2月中下旬开始），相当于人医中的外科手术，主要针对腐烂病、轮纹病、溃疡病、干腐病等枝杆病害。要想彻底去除病灶，需要割除少量的健康组织，深度也要达到果树的木质部。术后可以涂一次或两次药剂以保护伤口。药剂主要选择福美砷及其复配剂。
果树休眠期至芽前喷洒3-5oBe石硫合剂或30~60倍晶体石硫合剂液，对多种病害具有保护和治疗作用，兼治介壳虫、叶螨。注意3-5oBe石硫合剂只能在发芽前使用，药液浓度和喷雾质量不仅影响防治效果，也容易出现药害，葡萄、桃、李、梅等果树比较敏感，一般不能使用。
土壤处理主要指耕翻、灌溉，不仅改良土壤，保持土壤墒情，而且能将残留在地表的病叶、落果、杂草等翻入土中，把蝼蛄、金龟子、金针虫、地老虎等地下害虫翻到地面上冻死或让鸟类食掉。结合浇灌封冻水，也可闷死土中的虫卵、幼虫和蛹。