自1949年11月至1990年底，全县行政区划除个别调整外，较大的变动有9次；区域名称亦多次更迭。
1949年11月25日成立全县人民政府后，旋即建立起按地名命名的7个行政区。即：城关区、黄沙河区、咸水区、秦家塘区、龙水区、石塘区、两河区。1950年4月，将全县所辖西南边界的新田、百里、下界首3村（街）划归兴安县。将原7个区划为11个区和1个镇，即：城关区、枧头区、石塘区、凤凰区、咸水区、秦家塘区、龙水区、文桥区、黄沙河区、两河区、城关镇。当年11月，将原按地名命名的各行政区，改按数字为序称呼，石塘区析出鳌鱼州为第四区。
1951年把南部边境的大龙、国豪、罗塘3村划给灌阳县管辖。同年，湖南省道县所属的白岭乡，零陵县所属的豹子岭、辽冲、黄腊洞、上窗、皎盐岩、早禾冲，以及何家洞乡所辖的灵牌山、耗草坪、长垒、长冲等地划归全县。灌阳县的古木、斜水、雷公岩划归全县。1951年9月新建东山瑶族自治区。1952年8月，两河区划分两河、白宝两个区；同时资源县撤销建置，将其原属的延东、中峰、梅瓜3个区划入全县。1953年7月，置白宝区（十五区）。当时全县共有16区1镇，其序列为：一区（原城郊区）、二区（原枧头区）、三区（原石塘区）、四区（原鳌鱼州区）、五区（原凤凰区）、六区（原咸水区）、七区（原秦家塘区）、八区（原龙水区）、九区（原文桥区）、十区（原庙头区）、十一区（原两河区）、十二区（原中峰区）、十三区（原延东区）、十四区（原梅瓜区）、十五区（原白宝区），东山瑶族自治区，城关镇。1954年6月，资源县恢复建置，延东、中峰、梅瓜3个区归资源县。当年全县辖13个区1个镇，将十五区（白宝区）改称十二区，其余区名称未变。
1955年8月30日将区人民政府改为区公所，为县人民政府的派出机构。将以前数字为序命名的行政区域，又恢复以驻地名称命名。即：龙岩区（原一区）、芳塘区（原二区）、石塘区（原三区）、鳌鱼州区（原四区）、凤凰区（原五区）、咸水区（原六区）、秦家塘区（原七区）、龙水区（原八区）、文桥区（原九区）、庙头区（原十区）、两河区（原十一区）、白宝区（原十二区）。东山瑶族自治区和城关镇仍用原称。
1957年秋，凤凰区宅福小乡的宅福村、仰田、紫福田、屯川村；畔毗小乡的龙井塘、铁炉塘、水岗头、月亮山、枫木山、李家划归兴安县。还有畔毗小乡的畔毗村、松山里、老金塘、新金塘、刘家、秦家、鸭婆殿、枫木山秦家、沙里塘、老房子、炭盆岭、学里、湾里、石子桥、塘边亦划归兴安县，但这些村的群众不愿归属兴安县，不久又划归凤凰乡。
1958年1月，撤区并乡，全县划为27乡1镇，称乡（镇）人民委员会，乡下设农业生产合作社，镇下设街，共有454个社，3个街。即：桥渡乡9社，两河乡10社，屏山乡17社，枧塘乡17社，石塘乡19社，朝南乡21社，安和乡13社，万板桥乡7社，麻市乡18社，凤凰乡14社，鲁塘乡10社，咸水乡15社，绍水乡28社，山川乡11社，田心乡16社，大西江乡15社，龙水乡23社，文桥乡16社，江头乡18社，黄沙河乡28社，庙头乡21社，上安乡27社，大田乡13社，白宝乡29社，粟家渡乡15社，永岁乡17社，东山瑶族乡7社，城关镇辖3街。同年冬，人民公社化运动全面开展。为加强对人民公社的领导，实行政社合一，将27乡1镇，并成为13个人民公社，下设165个生产大队。1959年4月局部调整，增设大西江、绍水、永岁3个公社，同时将七一公社更名为城郊公社。当年全县为16个人民公社，即：城郊公社、永岁公社、枧塘公社、石塘公社、安和公社、麻市公社、咸水公社、绍水公社、才湾公社、龙水公社、大西江公社、文桥公社、庙头公社、两河公社、东山瑶族公社、城关镇公社。
1961年6月，恢复区的建置，全县设7大区，下辖42个人民公社。
1962年7月调整为15区1镇；1968年5月至1969年1月调整为14个区公所、2个人民政府（后均改称革命委员会），1969年10月调整为18个人民公社革命委员会。1984年机构改革，把人民公社改称为乡（镇）人民政府，同时将庙头公社划分为庙头、黄沙河两个镇，把安和公社划分为安和、蕉江两个乡。当年全县共设15乡5个镇，即：城郊乡、枧塘乡、永岁乡、文桥乡、大西江乡、龙水乡、才湾乡、咸水乡、凤凰乡、安和乡、朝南乡、两河乡、白宝乡、东山瑶族乡、蕉江瑶族乡、全州镇、石塘镇、绍水镇、黄沙河镇、庙头镇；下辖274个村。原称村委会，1986年村委会改称村公所。1999年2月全州镇与城郊乡合并为新全州镇。
2005年7月，朝南乡与石塘镇合并为新石塘镇。2005年12月，全县辖下18个乡镇，即：全州镇、石塘镇、绍水镇、黄沙河镇、庙头镇、才湾镇、龙水镇、文桥镇、大西江镇、凤凰乡、两河乡、安和乡、白宝乡、东山瑶族乡、蕉江瑶族乡、枧塘乡、永岁乡、咸水乡。